|
|
Methylace virových RNA
Šimonová, Anna ; Macíčková Cahová, Hana (vedoucí práce) ; Sýkora, David (oponent) ; Elleder, Daniel (oponent)
Viry svým působením zasáhly vývoj všech organizmů. Mají jednoduchou vnitřní organizaci a obsahují menší množství, většinou dobře popsaných RNA. V případě (+)ssRNA virů slouží genomová RNA rovněž jako mRNA. Díky tomu se viry jeví jako ideální modelový systém pro získání informací o nových RNA modifikacích a zároveň k pochopení funkce modifikací již popsaných. V této práci byl jako modelový systém použit zástupce retrovirů, virus lidské imunitní nedostatečnosti typ 1 (HIV-1). V další studii byli testováni čtyři zástupci pikornavirů pro popis methylačního spektra. Pro získání informace o RNA methylacích byla použita kombinace dvou technik, kapalinové chromatografie s hmotnostní detekcí (LC-MS) a sekvenačních technik. Výsledky LC-MS analýzy odhalily velké množství 1-methyladenosinu (m1 A) v RNA izolované z HIV-1. Mapovací technika vytvořená pro m1 A pak potvrdila přítomnost methylace pouze v přibalených tRNA. Tento výsledek následně vedl k přepočítaní RNA složení virové partikule HIV-1. V případě pikornavirů odhalila LC-MS m1 A pouze u dvou hmyzích virů (virus pytlíčkovitého plodu, SBV a virus deformovaných křídel, DWV). Stejně tak byla potvrzena i přítomnost 5-methylcytidinu (m5 C). Následné sekvenační techniky (m1 A mapování a bisulfitové sekvenování) potvrdily přítomnost m1 A a m5 C pouze v tRNA....
|
|
|
Proteiny mimikující epitopy široce neutralizujících protilátek proti viru HIV-1
Zosinčuková, Tereza ; Malý, Petr (vedoucí práce) ; Osička, Radim (oponent)
Virus HIV-1 je nebezpečný retrovirus představující jeden z předních světových zdravotnických problémů. Infekce virem HIV-1 je v současné době nevyléčitelná a bez antiretrovirové terapie v rámci let smrtelná. Navzdory veškeré snaze se zatím nepodařilo připravit účinnou vakcínu proti tomuto patogenu. Ve své práci se proto věnuji zcela novému a unikátnímu přístupu ve vývoji vakcíny, který využívá malých vazebných proteinů (mimotopů) pro vyvolání tvorby ochranných široce neutralizujících protilátek proti viru HIV-1. Stěžejní náplní práce byla identifikace a charakterizace malých vazebných proteinů, které věrně napodobují (mimikují) oblasti povrchových glykoproteinů viru HIV-1, jež jsou rozpoznávány široce neutralizujícími protilátkami PGT121 a PGT126. Mimotopy byly selektovány z vysoce komplexní kombinatoriální proteinové knihovny odvozené od nového typu "scaffoldu" nazvaného Myomedin. Rozsah proteinové knihovny byl prvně zúžen metodou ribozomálního displeje. Pomocí přímé sendvičové ELISA bylo následně provedeno plošné testování vazby jednotlivých variant Myomedinu na cílové protilátky. Celkem bylo otestováno přes 200 variant, ze kterých vzešlo několik nadějných kandidátů. Tyto varianty Myomedinu byly následně purifikovány, biochemicky a biofyzikálně charakterizovány a nejvhodnější z nich využity pro...
|
|
|
Modulation of plasmacytoid dendritic cell function: role of immunoreceptors TIM-3 and BDCA-2
Font Haro, Albert ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Němečková, Šárka (oponent) ; Saláková, Martina (oponent)
Albert Font Haro ABSTRAKT Modulace funkce plazmacytoidních dendritických buněk: role immunoreceptorů TIM-3 a BDCA-2 Plasmacytoidní dendritické buňky (pDC) hrají klíčovou roli v antivirovou odpověd a propojení vrozené a adaptivní imunity. Tyto buňky exprimují endozomální toll-like receptory 7 a 9 detekující ssRNA a DNA postrádající methylaci CpG dinukleotidů. Díky stálé expresi transkripčního faktoru IRF7 jsou pDC schopny rychlé produkce velkého množství interferonů typu I (IFN-I; α, β, ω), typu III (IFN-III; 1, 2, 3, 4) a prozánětlivých cytokinů jako jsou IL-1, IL-6 a TNF-α. Po dozrání pDC také fungují jako buňky prezentující antigeny. I přes intenzivní výzkum je mechanizmus produkce a regulace IFN a prozánětlivých cytokinů málo prozkoumaný. S použitím buněčné linie GEN2.2 a primárních lidských pDC jsme popsali roli kináz MEK a SYK v produkci a regulaci produkce IFN-I. Zjistili jsme, že SYK se účastní nejen regulace regulačním receptorem (RR) řízené BCR-like dráhy působící negativně na sekreci IFN-I a IFN-III, ale také v pozitivní signalizaci pomocí TLR7/9 signální dráhy vedoucí k produkci IFN-I. Dále jsme zjistili že také MEK hraje důležitou roli v inhibiční RR dráze. Další výzkum pomocí farmakologického cílení kináz SYK a MEK může posloužit ke zmírnění symptomů nemocí jako je systémový lupus...
|
|
|
Effects of heme arginate in HIV-1 acute infection and in latency reversal
Prakash, Shankaran ; Mělková, Zora (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Hejnar, Jiří (oponent)
V současnosti dostupná antiretrovirotika efektivně potlačují replikaci HIV-1 a blokují progresi onemocnění. Virus však není možné eliminovat z organismu, neboť HIV-1 integrovaný do genomu není existujícími antiretrovirotiky ovlivňován. Aktivně se proto vyvíjejí nové látky schopné reaktivovat provirus a zlikvidovat latentní rezervoár, tzv. terapie "shock and kill". Normosang (hem arginát; HA) je preparát obsahující lidský hemin využívaný k léčbě akutní porfyrie. Hem je fyziologicky degradován hem oxygenasami na železo (Fe2+ ), oxid uhelnatý (CO) a biliverdin, který je dále přeměňován biliverdin reduktasou na bilirubin. V této práci jsme prokázali, že HA inhibuje replikaci HIV-1 při akutní infekci, což bylo doprovázeno inhibicí reversní transkripce. Naproti tomu HA působil synergicky s forbol myristyl acetátem (PMA) a reaktivoval HIV-1 provirus v buňkách ACH-2 a HIV-1 "minivirus" v klonech buněk Jurkat A2 a H12. HIV-1 "minivirus" byl reaktivován i samotným HA. Dále jsme studovali efekty degradačních produktů hemu na reaktivaci latentního HIV-1 přidaných jednotlivě. K tvorbě Fe2+ jsme využili askorbát, jehož přidání zvyšovalo expresi HIV-1 proviru i "miniviru". Další dva degradační produkty hemu, CO a bilirubin, expresi proviru inhibovaly. Antioxidans N- acetylcystein stejně jako chelátor železa...
|
|
|
Integration site distribution of expressed proviruses
Miklík, Dalibor ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Kejnovský, Eduard (oponent) ; Indik, Stanislav (oponent)
Pro zajištění účinné exprese svých genů integrují retroviry provirové kopie svých genomů do genomů infikovaných buněk. Epigenetické procesy však mohou narušit a umlčet expresi integrovaných provirů. Takovéto umlčování sice zpomaluje šíření virové infekce, ale vytváří také reservoir latentních provirů, který v důsledku brání účinné léčbě retrovirových (např. HIV-1) infekcí. Umlčování integrujících se retrovirových vektorů navíc omezuje jejich účinou aplikaci v transgenezi či genové terapii. Cílem této práce je popsat interakce mezi expresí retrovirů a hostitelským (epi)genomikým prostředím v místech integrace provirů. Pro splnění stanoveného cíle jsme se rozhodli definovat (epi)genomické prostředí provirů, jejichž exprese není zasažena epigenetickým umlčováním. Jako modelové systémy jsme využili odlišné retrovirové vektory odvozené od ptačího sarkomového a leukózového viru (ASLV), myšího leukemického viru (MLV) nebo lidského viru získané imunodeficience typu 1 (HIV-1), jejichž expresní aktivita v lidských buňkách byla sledována. Za účelem popisu charakteristik míst integrace provirů rezistentních vůči umlčování jsme z infikované populace oddělili buňky nesoucí aktivní proviry, identifikovali místa integrace těchto provirů a porovnali charakteristiky takovýh míst s těmi získanými ze směsné, neselektované...
|
|
|
Vzájemné ovlivnění infekce HIV-1 a exprese lidských endogenních retrovirů
Machač, David ; Elleder, Daniel (vedoucí práce) ; Drda Morávková, Alena (oponent)
Cílem této bakalářské práce je popsání vlivu HIV-1 na expresi HERV provirů v infikovaných buňkách, a také, jak přítomnost HERV transkriptů a proteinů dokáže ovlivnit replikační cyklus HIV-1, složení, stavbu a infekčnost jeho virionů. Tyto interakce mohou mít na infekčnost virionů vliv negativní i pozitivní. Například v přítomnosti HIV-1 a HERV proteinů kódovaných geny v regionu gag, které jsou zodpovědné za stavbu kapsidy, nukleokapsidy a matrix virionu, může docházet k jejich promíchání a vytvoření aberantních kapsid, které nebudou schopny sehrát svou úlohu v replikačním cyklu HIV-1. Dále díky jevu zvanému virová pseudotypizace může dojít k začlenění HERV obalových glykoproteinů do membrány HIV-1, čímž může tento virus teoreticky rozšířit svůj tropismus i na jiné buňky než CD4 T-lymphocyty, makrofágy a dendritické buňky. Klíčová slova: HERV, HIV-1, virové pseudotypy, retrovirová replikace
|
|
| |
|
|
Effects of heme arginate in HIV-1 acute infection and in latency reversal
Prakash, Shankaran ; Mělková, Zora (vedoucí práce) ; Hirsch, Ivan (oponent) ; Hejnar, Jiří (oponent)
V současnosti dostupná antiretrovirotika efektivně potlačují replikaci HIV-1 a blokují progresi onemocnění. Virus však není možné eliminovat z organismu, neboť HIV-1 integrovaný do genomu není existujícími antiretrovirotiky ovlivňován. Aktivně se proto vyvíjejí nové látky schopné reaktivovat provirus a zlikvidovat latentní rezervoár, tzv. terapie "shock and kill". Normosang (hem arginát; HA) je preparát obsahující lidský hemin využívaný k léčbě akutní porfyrie. Hem je fyziologicky degradován hem oxygenasami na železo (Fe2+ ), oxid uhelnatý (CO) a biliverdin, který je dále přeměňován biliverdin reduktasou na bilirubin. V této práci jsme prokázali, že HA inhibuje replikaci HIV-1 při akutní infekci, což bylo doprovázeno inhibicí reversní transkripce. Naproti tomu HA působil synergicky s forbol myristyl acetátem (PMA) a reaktivoval HIV-1 provirus v buňkách ACH-2 a HIV-1 "minivirus" v klonech buněk Jurkat A2 a H12. HIV-1 "minivirus" byl reaktivován i samotným HA. Dále jsme studovali efekty degradačních produktů hemu na reaktivaci latentního HIV-1 přidaných jednotlivě. K tvorbě Fe2+ jsme využili askorbát, jehož přidání zvyšovalo expresi HIV-1 proviru i "miniviru". Další dva degradační produkty hemu, CO a bilirubin, expresi proviru inhibovaly. Antioxidans N- acetylcystein stejně jako chelátor železa...
|
|
|
Vliv restrikčních faktorů na replikaci viru hepatitidy B
Kunteová, Kateřina ; Hirsch, Ivan (vedoucí práce) ; Sýkora, Michal (oponent)
Cílem práce je provedení literární rešerše vlivu buněčných restrikčních faktorů na replikaci viru hepatitidy B. Důraz bude kladen na srovnání vrozené a přirozené imunity a vlivu stejných nebo analogických restrikčních faktorů ovlivňujících replikaci virů HBV a HIV-1. Vzhledem ke klíčové roli cccDNA pro udržení HBV v lidském organizmu, bude studován vliv restrikčních faktorů na možnosti její destrukce a eradikace. V práci bude rovněž zohledněn vliv restrikčních faktorů na replikaci a genovou expresi HBV při akutní, chronické a okultní infekci. Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
|
|
|
Funkční analýza genomu pomocí mapování integračních míst podporujících expresi retrovirů v lidských buňkách
Miklík, Dalibor ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
Exprese genů retrovirů je závislá na vytvoření proviru - DNA kopii retrovirového genomu integrované do genomu hostitele. Stav transkripce proviru je pak závislý na podmínkách v místě integrace proviru. Existence umlčování exprese proviru je problémem při využívání retrovirových vektorů a překážkou pro eradikaci viru lidské imunodeficience typu 1 (HIV-1) u infikovaných pacientů. S využitím buněčných klonů nesoucích jediný integrovaný provirus je v této diplomové práci zkoumána distribuce (epi)genomových charakteristik v místech integrace stabilně exprimovaných provirů. Celkově bylo získáno 245 a 255 expresních profilů klonů nesoucích proviry ptačího sarkomového a leukózového viru (ASLV) a HIV-1. Na databázích založená analýza 42 integračních míst ASLV a 3 integračních míst HIV-1 ukazuje, že udržení stabilní exprese provirů je závislé na integraci proviru do blízkosti transkripčních startů (TSS). Přítomnost histonových značek charakteristických pro okolí aktivních TSS a regulačních elementů v místech integrace stabilně exprimovaných provirů toto pozorování potvrzuje. Výsledky této práce mohou soužit jako základ dalších analýz vztahu integračních míst retrovirů a jejich exprese a měly by být brány na vědomí při dalších analýzách exprese retrovirů.
|
host ::
RSS.